"Os taumopoleanos viam o homem como uma combinação dos quatro elementos. Eles afundaram sua cidade pois é o homem quem mais destroi."
A abertura de Raising Thaumopolis já nos é bastante familiar, com Lara e seu iate particular em algum lugar do Mar Mediterrâneo. Ao retornar ao iate, porém, ela percebe que não está sozinha; um homem que se apresenta como Anton Cooper oferece uma aliança, podendo levar a aventureira até a cidade perdida que ela tem procurado sem êxito.
Cooper sinaliza que a ordem conhecida como Liberty Project planeja reviver a legião de Thaumopolis, o que seria uma má ideia. Ele permite que Lara abra as portas do arsenal para que ela decida o seu destino, mas ela é instantaneamente contestada pelo líder da célula inimiga. Para resolver a disputa, o guardião do arsenal transporta ambos para a câmara dos sonhos, onde eles devem competir pelo prêmio em três desafios, avisando que morrer nesse local etéreo resultaria na verdadeira morte.
Lara emerge vitoriosa, por pouco, e, sem interesse em ressuscitar a legião, opta por um simples artefato. Na saída, ela comenta que o guardião do arsenal é bastante parecido com Cooper. Ele então revela ser pai do guardião, momentos antes de explodir a entrada subterrânea da cidade, alegando que quaisquer sacrifícios são aceitáveis em nome dessa proteção.