Sob o selo da editora Dark Horse, Tomb Raider começou com uma edição especial, em capa dura e não numerada, e distribuída exclusivamente para quem fez a pré-compra de TR2013. Essencialmente, também é a primeira vez que as duas mídias são interligadas dessa forma: The Beginning é um prólogo para o jogo.
Lara chega a ser uma mera coadjuvante nessa história. O grande foco está em James Whitman, apresentador do programa Whitman's World. Apesar da audiência mediana na última temporada, a rede havia aprovado a terceira temporada documentando a busca pelo reino perdido de Yamatai.
Roth quem escolheu os integrantes da tripulação, e Whitman e sua equipe começam a entrevistá-los. Alguns fatos aleatórios são levantados nestas entrevistas iniciais. Grim e Roth navegam juntos há mais de 20 anos, por exemplo, e Reyes abandonou sua carreira como policial para poder vingar a morte de um parceiro e tornou-se mecânica quando começou a trabalhar com seu irmão.
Ao longo das entrevistas, Whitman recebe um telefonema dizendo que a emissora voltou atrás e cancelou a terceira temporada. Ele despacha sua equipe como se nada tivesse acontecido, mas Lara ouve outro telefonema, no qual ele afirma que Yamatai pode ser uma mina de ouro e que essa expedição vai acontecer, mesmo que ele tenha que arcar com as despesas.
Whitman havia traído sua esposa com uma jovem de 22 anos, e, com o divórcio, sua ex-esposa está tomando tudo o que pode ao saber que o programa foi cancelado. Desesperado por dinheiro, ele pede para seu agente algumas peças que o museu de Londres havia emprestado à emissora. Ele tenta vendê-las, mas é emboscado por capangas do comprador. Para sua sorte, sobrevive pois Jonah Maiava chega para seu resgate.
Jonah explica que Roth percebeu que havia algo de errado e pediu-lhe que seguisse Whitman. De volta ao Endurance, um Alex motoqueiro surge, implorando por um lugar para se esconder. Ele havia sido detectado invadindo bancos de dados do governo e sabia que Roth estava prestes à partir em uma expedição. Quando é inofmrado que a expedição pode não ocorrer por falta de fundos, ele oferece uma alternativa: hackear e trapacear em jogos de azar online. Seu plano, infelizmente, também não rende frutos.
Apesar de toda a fortuna da família Croft, que Lara decide jamais tocar pois quer fazer seu próprio nome, ela decide pedir ajuda à Samantha Nishimura, amiga e colega de faculdade, ao invés: o tio de Sam já havia financiado algumas aventuras anteriores de Roth, e concorda em financiar mais essa, desde que receba 60% dos espólios que a expedição encontrar. Sam decide acompanhar Lara nessa aventura.
A nova equipe de Whitman toma forma: Samantha como a cinegrafista entusiasta, e Lara como seu auxiliar de pesquisa. Sam começa as gravações e encontra uma Lara incerta, que se julga irrelevante para o documentário. Sam afirma que Lara será importante um dia, demonstrando ansiedade quanto à busca por Yamatai. Lara comenta que essa viagem mudará a vida delas para sempre...
Curiosidade: um dos colecionáveis do jogo é uma carta que Reyes escreve para sua filha Alisha, pedindo para que ela procure por um tal de Conrad Roth, pois ele é o pai que ela nunca conheceu. Nesta HQ, Alisha e Roth se conhecem, mas Alisha usa o termo "tio," sem saber que ele é seu pai.