The Abyss continua a história diretamente após a morte de Lara Croft em Endgame. Publicada em três edições (#26 a #28), vemos Sara de luto, tentando adivinhar qual seria a forma que Lara gostaria de ser enviada desta vida para a próxima, enquanto Lara enfrenta um faraó megalômano na pós-vida. Nova Iorque entra com uma liminar contra a Mansão Croft para compensar pelo prejuízo que Lara causou à cidade, colocando sua impagável coleção de artefatos à leilão – maior comprador interessado: Vymes.
Enquanto demais faraós se preparavam para a pós-vida com uma tumba e Shabtis de cera, Amenhotep III construiu uma cidade e a populou com seus conselheiros, escravos e centenas de mulheres. Quando aguardava o início de seu reino, porém, Anubis o enganou, não pesando sua alma contra a pena da verdade, e o Nilo inundou sua cidade, apodrecendo tudo que ele havia construído.
Enquanto tenta assimilar que está morta, Lara enfrenta o faraó destemidamente. Quando lembra de rituais de sepultamento, que levavam em consideração a crença de morte após a morte, Lara cogita a possibilidade de encontrar e destruir o Ba de Amenhotep III, eliminando assim qualquer forma de sustento que o faraó possa ter. Ele simplesmente sorri, indagando a possibilidade de "uma praga morrer de doença."
"Quando a situação é desesperadora, mude a situação."
Quando um colosso comandado pelo faraó destrói uma parede, revela uma rota de fuga para Lara, mas, ao invés, ela encontra a verdade. Escondida atrás de um relevo de Nehebkhau, guardião da entrada do submundo, estava o Shabti que representava o faraó à sua frente. Tudo que ele sabia sobre Amenhotep não eram memórias dele, mas, sim, histórias que ele leu nas paredes da tumba em que foi enclausurado.
Amenhotep encontrou uma forma de escapar da retribuição que poderia lhe ser causada pelo que ele fez em vida, e encontrou uma forma de escapar disso criando um substituto. O Shabti nas mãos de Lara representava esse dublê de corpo, e, ao destruí-lo, o faraó também é reduzido à cinzas.
Nehebkhau se materializa em frente a Lara, ainda contemplando o trunfo sobre o faraó. Ela questiona "que tipo de morto o guardião diria que ela é," para o quê ele responde "nenhum." Alegando que ela ainda tem uma vida a viver e que não pertence àquele lugar, ele a envia de volta para o reino dos vivos.
Novamente viva, Lara telefona para Sara Pezzini para ver como ela está lidando com o incidente em Nova Iorque. Sara fica empolgada em saber que sua amiga está viva, mas recomenda que Lara fique alguns dias com ela: a mansão Croft acabara de ser vendida.